Jaroslav Flegr je profesorem evoluční biologie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze, tamtéž je i předsedou etické komise. Kromě evoluční biologie se věnuje též evoluční psychologii, za tím účelem zastává výzkumný post na Národním ústavu duševního zdraví.

Objevil vliv latentní toxoplazmózy a Rh faktoru na lidské chování a duševní a fyzické zdraví. Je autorem teorií zmrzlé plasticity a zamrzlé evoluce. Kromě zhruba 150 odborných článků publikoval čtyři knihy, například Zamrzlá evoluce, aneb je to jinak pane Darwin (Academia, 2006) a standardní českou učebnici evoluční biologie (Academia, 3. vydání 2018).