Colin Allen is mimořádný profesor dějin a filosofie vědy na Pittsburghské univerzitě. V období 2017-2020 byl rovněž držitelem titulu "Changjiang (Jang-c-ťiang) professor" na univerzitě Xi'an Jiaotong ve městě Xi'an v Číně.

Hlavní oblastí Allenova výzkumného zájmu jsou filosofické základy kognitivních věd. Zvláště se zajímá o vědecké studium kognitivních schopností mimolidských zvířat a kompjůtrů a hodně publikoval o filosofii mysli, filosofii biologie a umělé inteligence. Vydal více než sta odborných statí a uspořádal či je spoluautorem několika knih, včetně Moral Machines: Teaching Robots Right from Wrong (Oxford University Press 2009), přeložené do korejštiny (2015), japonštiny (2017) a čínštiny (2017). 

Od roku 1998 byl Allen konzultantem a programátorem Stanfordské filosofické encyklopedie, jejímž je zároveň editorem. Je ředitelem Indianského projektu filosofické ontologie (InPhO), který získal mnohé národní i mezinárodní výzkumné granty na projekty v komputačních humanitních vědách, a spolu se čtyřmi dalšími kolegy z Indiana University je spoluřešitelem projektu o evoluci lidských kognitivních schopností, financovaného mnohamilionovým grantem od Templetonovy nadace. 

V roce 2010 byla Allenovi udělena vědecká cena Nadace Alexandera von Humboldta v Německu za celoživotní dílo, a v roce 2013 získal Barwisovu cenu Americké filosofické asociace (APA) "za mnohé významné příspěvky člena APA k oblastem, relevantních pro filosofii a komputaci".